La 12 septembrie 2007, în urmă cu cinci ani, Preafericitul Părinte Daniel a fost ales Arhiepiscop al Bucureştilor, Mitropolit al Munteniei şi Dobrogei, locţiitor al tronului Cezareei Capadociei şi Patriarh al Bisericii Ortodoxe Române. În seara acelei zile, potrivit Ziarul Lumina, în jurul orei 20:00, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a validat alegerea noului Patriarh de către Colegiul Electoral Bisericesc în persoana Înalt Preasfinţitului Daniel Ciobotea, Arhiepiscop al Iaşilor şi Mitropolit al Moldovei şi Bucovinei.
În sunetul clopotelor care răsunau la Catedrala patriarhală din Bucureşti, alegerea celui de al şaselea Patriarh al României a fost întâmpinată cu bucurie şi entuziasm de credincioşii care aşteptau hotărârea în faţa Palatului Patriarhiei. Întronizarea Preafericitului Părinte Daniel ca Patriarh al Bisericii Ortodoxe Române a avut loc în Catedrala patriarhală, la 30 septembrie 2007. A fost ales Patriarh după mutarea la cele veşnice a vrednicului de pomenire Teoctist patriarhul, care a păstorit Biserica Ortodoxă Română între anii 1986 şi 2007.